Sejak dibentuk, lambang BPK mengalami empat kali perubahan. Setiap lambang memiliki arti dan makna tersendiri. Pada periode 1961-1973, lambang BPK terdiri atas pena emas dan buku, peta Indonesia, api serta timbangan. Pena emas dan buku berarti BPK melakukan pemeriksaan atas pertanggungjawaban keuangan negara sesuai dengan ketentuan Pasal 23 ayat (5) UUD 1945. Peta Indonesia menunjukkan luasnya wilayah pemeriksaan BPK. Api berarti pemeriksaan dilakukan bukan semata-mata mencari kesalahan, tetapi lebih ditujukan kepada pemberian pembinaan pengarahan. Sedangkan timbangan berarti pemeriksaan bersifat adil, independen dan obyektif. Pemakaian lambang tersebut diresmikan oleh Ketua BPK pada saat penggunaan pakaian dinas pada Januari 1961.
Pada 1973-1983, lambang BPK diubah menjadi tiga tanda panah yang saling berhubungan. Lambang ini menceritakan bahwa BPK lahir pada 1 Januari 1947 sebagai suatu lembaga tinggi negara yang memiliki tugas memeriksa keuangan, pemeriksaan operasional, pemeriksaan program. Ketiga macam pemeriksaan tersebut selalu didasarkan menurut hukum dan keadilan dengan motto Tepat, Cermat dan Hemat. Pemakaian lambang ini berdasarkan pada Surat Keputusan BPK RI No.08/SK/K/1973 tanggal 3 November 1973.
Pada 1985-1993, lambang BPK kembali diubah. Pada periode ini lambang BPK berbentuk bulat dan terdiri dari; Garuda Pancasila terletak di tengah lingkaran Cakra yang melambangkan BPK sebagai lembaga tinggi negara menjunjung tinggi pancasila sebagai dasar negara, sebagai dasar landasan idiil dan filosofi dari semua tindakan yang diambil BPK.
Cakra dengan tiga mata tombak dan 47 buah lengkungan kecil-kecil pada luar lingkaran Cakra melambangkan bahwa Cakra adalah senjata Betara Wisnu yang ampuh untuk menjaga agar pengelolaan keuangan negara selalu tertib, berdaya guna dan berhasil guna serta penggunaannya mencapai tingkat kesepadanan yang tinggi.
Tiga mata tombak melambangkan ruang lingkup pemeriksaan BPK. Pertama, ketertiban dan ketaatan dalam penguasaan dan pengurusan keuangan negara. Kedua, daya guna (efisiensi) dan kehematan (ekonomis). Ketiga, hasil program yang efektif.
Bunga teratai berkelopak tujuh lembar menopang Cakra dikenal sebagai Padsama yang bermakna tahta bunga-bunga teratai melambangkan kebersihan, kesucian dan keluhuran lahir batin. Sementara tujuh buah kelopak teratai menggambarkan landasan pelaksanaan tugas BPK adalah Sapta Prasetya Jati dan Ikrar Pemeriksa yang masing-masing berjumlah tujuh butir.
Garuda dan Cakra berwarna emas mempunyai arti keluhuran dan keagungan BPK sebagai lembaga tinggi negara. Sedangkan warna putih dan kelopak teratai melambangkan kesucian, kebersihan dan kejujuran yang harus menjiwai setiap pegawai BPK.
Terakhir, lambang BPK ditetapkan dengan nama Tri Dharma Artasantosha. Nama ini berarti menjunjung tinggi pancasila dan UUD 1945, serta prinsip-prinsip penuntun, berupaya mencapai tiga keberhasilan menuju terwujudnya pertanggungjawaban keuangan negara yang semakin sempurna. Lambang ini dipakai sejak 1993-sekarang.
Tulisan Tri Dharma Artasantosha ditempatkan di kiri dan kanan mata tombak yang ada di puncak. Jika digabung dengan kata-kata di gelang bagian bawah BPK, maka tulisan Tri Dharma Artasantosha tidak saja berarti nama, tetapi juga bermaksa misi. Artinya, misi BPK yaitu mewujudkan Tri Dharma Artasantosha.