Sejalan dengan perkembangan sejarah Indonesia, BPK RI juga mengalami berbagai perkembangan. Sekitar 30 tahun setelah lembaga tinggi negara yang bernama Badan Pemeriksa Keuangan dan yang dikenal dengan singkatan Bepeka ini hijrah dari Yogyakarta ke Bogor dan kemudian ke Jakarta, BPK RI baru mempunyai satu perwakilan Bepeka, yang kemudian dikenal dengan nama Perwakilan Bepeka Wilayah II di Yogyakarta. Selanjutnya pada usianya yang ke 34, Bepeka mulai mengembangkan sayapnya untuk mengimbangi tuntutan akan peningkatan mutu hasil pemeriksaan. Mengingat semakin meningkatnya Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara dari tahun ke tahun serta tanggung jawab tugas pemeriksaan yang semakin meningkat pula, maka pada tahun 1981 dibentuk Perwakilan Bepeka Wilayah III berdasarkan Keputusan Ketua Bepeka No. 04/SK/K/1981 tentang Perwakilan BPK di Ujung Pandang dan Keputusan Ketua Bepeka No. 80/SK/K/1982 tentang Organisasi dan Tata Kerja Sekretariat Jenderal Badan Pemeriksa Keuangan. Perwakilan Bepeka Wilayah III di Ujung Pandang diresmikan pada tanggal 27 Mei 1981.
Pada perkembangannya, Bepeka Wilayah III di Ujung Pandang beberapa kali mengalami perubahan nama. Perubahan nama untuk pertama kalinya adalah menjadi Perwakilan VII BPK RI di Makassar berdasarkan Keputusan Ketua BPK RI Nomor 12/SK/I-VII.3/7/2004 tentang Organisasi dan Tata Kerja Pelaksana BPK RI. Selanjutnya terjadi perubahan lagi menjadi Perwakilan BPK RI di Makassar berdasarkan Keputusan Ketua BPK RI Nomor 02/SK/I-VII.3/1/2006 sebagai perubahan keempat atas Keputusan BPK RI Nomor 12/SK/I-VII.3/7/2004 tentang Organisasi dan Tata Kerja Pelaksana BPK RI. Selanjutnya, berdasarkan Keputusan Ketua BPK RI Nomor 06/K/I-XIII.2/10/2008 tentang Nama Kantor Perwakilan BPK RI, nama Perwakilan BPK RI di Makasar menjadi Perwakilan Provinsi Sulawesi Selatan Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia.
